Grabaciones discográficas como Director de Orquesta: Francisco Javier Gutiérrez Juan cuenta con una amplísima trayectoria en el mundo discográfico siendo colaborador habitual de sellos como Mercurio, Senador, Pasarela, Villamúsica etc., y de los productores y arreglistas más importantes como Manuel Marvizón, Jesús García, Pascual González, Gluck, Jesús Bola, José Miguel Evora etc. Así entre su discografía encontramos música de todos los géneros
Discos como Director de la Banda Sinfónica Municipal de Sevilla música sinfónica:
- "Paraceve": Banda sonora de la película Parasceve
- "Cantos e Himnos Religiosos de Granada"
Frco. Javier Gutiérrez Juan dirige en este disco las dos versiones de Salve Escolapia, la versión para voces y orquesta grabada en directo en el Auditorio Manuel de Falla de Granada al frente del Coro y Orquesta Clásica de Granada, y la versión paraban grabado en Sevilla con la Banda Sinfónica Municipal de Sevilla"La Música del 29"
"... y Sevilla"
- "Andalucía"
- "Centenario Verde y Blanco"
- "Espíritu Navideño"
- "Dulce Navidad"
- "La Noche Mágica de Sevilla", con motivo del Centenario de la Cabalgata de Reyes Magos de Sevilla
Discos como Director de la Banda Sinfónica Municipal de Sevilla, arreglos sinfónicos con cantantes de coplas:
- "Pregón a la Esperanza". Disco grabado en 2019 con los famosos cantantes "Los del Río" a beneficio de las Obras de Caridad de las Hermandades Sevillanas de la Esperanza de Triana y de la Esperanza Macarena. Incluye el estreno de varias composiciones.
- "Homenaje a Paquita Rico"
Discos como Director de la Banda Sinfónica Municipal de Sevilla, de Música cofrade incluyendo música sinfónico-coral, recuperaciones históricas de marchas procesionales de compositores como Joaquín Turina, Manuel Castillo, C. Martínez Rücker, Andreu, etc:
- "Versión Original"
- "Diez Miradas a la Pasión"
- "Maestros de la Pasión"
- "Esta es la historia"
- "En clave de luz"
- "Armonía"
Grabaciones como Director para Radio y Televisión: Ha dirigido distintas agrupaciones corales y orquestales para Canal Sur Televisión, RTVE, COPE, SER etc. También ha realizado numerosas grabaciones para grupos de teatro y para campañas publicitarias. En los últimos años graba de manera asidua conciertos con la Banda Sinfónica Municipal de Sevilla para Telesevilla, Sevilla Televisión, Giralda TV, Canal Sur Televisión, RTVE, COPE, SER etc,
Grabaciones como oboísta: Son numerosas las grabaciones que realizó en su etapa de oboísta, como por ejemplo las dos realizadas con su trío “Música de Capilla”. Colaboró habitualmente en las grabaciones discográficas de artistas como Romeros de la Puebla, Ecos del Rocío, Soles, Pleamar, Grana y Oro, Los Maravillas, Rafael Riqueni, Eduardo Palencia, Manolo Franco, Pascual González, Patricia Vela, El Niño de Pura, etc. Ha realizado grabaciones televisivas con artistas de la talla de Montserrat Caballé, Isabel Pantoja, Lole Montoya etc.